N1 – это материал, из которого создается N2. В общем, если в готовом продукте опознается наличие материала, его название оформляется で. Если в процессе создания материал претерпел изменения и не опознается в готовом продукте, его название оформляется から.
鉄で刀を作ります。
Мечи делают из железа.
牛乳からバターを作ります。
Из молока деляют масло.