いいえ se usa al principio de una respuesta negativa a una pregunta. Nótese que el fnal de la oración afirmativa es sustituido por un final negativo: では ありません. N1は N2では ありません puede usarse solo como una oración de negación.
いいえ、わたしは ジョンでは ありません。
No, no soy Juan.