Cuando se habla del precio de más de una unidad, la partícula で se usa detrás de la palabra que expresa cantidad. La partícula で expresa la especificación/totalidad o el límite.
ボールペンは 三本で 九百円です。
Tres bolígrafos son por 900 yenes.(TL) /Tres bolígrafos por 900 yenes.
ぜんぶで 四千円です。
Son 4.000 yenes en total.