Nは steht für das, was existiert, wobei der Ort, an dem sich etwas/jemand befindet, betont wird. Im Gegensatz dazu liegt im Satz "Ort に Nが あります" (Lektion 6-1-2) die Betonung auf dem Etwas/der Person.
バナナは つくえの 上に あります。
Die Bananen liegen auf dem Tisch.
犬は 木の 下に います。
Der Hund ist unter dem Baum.